Dne 28. června roku 1941 byl zatčen a 7. října za antisovětskou propagandu a agitaci (paragraf 58-10, článek 1) odsouzen k deseti letům vězení a ztrátě občanských práv na tři roky. V době zatčení pracoval jako vedoucí oddělení technické kontroly v koželužně č. 2.
Vlasta Horáčková, dcera Rudolfa Horáčka v rozhovoru s Jaromírem Markem vzpomíná na otcovo zatčení: „Bylo mi sedm let, když otce uvěznili. Byla jsem tehdy ještě malá, ale všechno se mi to vrylo do paměti. Přijeli nad ránem, dělali velký rámus, všechno v domě zpřevraceli a otce odvezli.” Rudolf Horáček byl obviněn z kontrarevoluční činnosti, urážení vedoucích představitelů strany a sovětské vlády.
Ve vyšetřovacím spisu NKVD se píše, že získal protisovětsky smýšlejícího Františka Štefana a Viktora Doležala, s nimiž opakovaně pořádal ilegální schůzky u sebe doma a u Františka Štefana. Rudolf Horáček se měl při výslechu přiznat, že jako nepřítel stávajícího politického zřízení v Sovětském svazu po řadu let mezi zaměstnanci Interhelpa prováděl protisovětskou agitaci a propagandu. Šířením pomluv a výmyslů o životě v Sovětském svazu se mezi dělníky snažil vyvolat nespokojenost vůči bolševické straně a sovětské vládě. Měl také intrikovat a organizovat tisk a následnou distribuci kontrarevolučních letáků ve Frunze.





