V roce 1932 ale začala výroba sukna klesat, bylo méně práce, objevily se první konflikty a o rok později se Skalický rozhodl, že se vrátí zpátky do Československa. Společně s ním odjíždí i Urbánek a Šámal, kteří s ním přijeli. Ani doma ale situace ve třicátých letech nebyla ideální, Skalický nemůže najít práci a je závislý na pomoci bratra. Lituje, že Interhelpo opustil. V otevřených dopisech se netají touhou znovu se do družstva vrátit. Stěžuje si v nich na neustálý policejní dohled a špatnou finanční situaci. Za poslední úspory se tedy do Kirgizie na konci roku 1935 vrátil společně s Josefem Urbánkem, který s ním už absolvoval obě cesty - tam i zpátky, a obdivoval, jak moc se družstvo změnilo. Znovu nastoupil do textilní továrny jako dělník a byl spokojený. Neznervozňovalo ho ani znárodňování některých podniků družstva.
Dne 8. března roku 1938 byl ale zatčen a odsouzen za údajnou ekonomickou špionáž a protisovětskou činnost. Jaromír Marek v knize Interhelpo vydané v roce 2020 píše, že podle jeho vyšetřovacího spisu byl Josef Skalický 23. Září 1938 trojkou odsouzen za špionáž a antisovětskou agitaci k trestu smrti. Rozsudek byl vykonán 5. listopadu 1938. Po odsouzení manžela, zůstala Anna Skalická sama, veškerý majetek jí byl zabaven. V padesátých letech ji úřady informovaly, že byl Josef Skalický zatčen a společně s dalšími členy Interhelpa transportován do pracovního tábora. Tam měl být při pokusu o útěk při návratu z práce do tábora zastřelen strážným. Ve skutečnosti byl popraven ještě ve Frunze a spolu s dalšími sto sedmatřiceti lidmi pohřben v hromadném hrobu u vesnice Čong-Taš. Tam jeho ostatky spočívaly až do roku 1991, kdy byl hrob objeven.
Jeho manželka se nikdy nedozvěděla kde a kdy Josef Skalický zemřel. Jeho jméno figuruje na seznamu obětí, které “padli na frontě výstavby socialismu”, jak ve své knize Internacionálna pomoc československého proletariátu národům SSSR vydané v roce 1961 uvádí Pavel Pollák, tak na seznamu obětí, který sestavilo Sdružení Čechů v Kyrgyzstánu Nazdar. V archivních složkách se žádostmi o výjezdní doklady, které se nachází ve fondu Ministerstva zahraničních věcí - Ruská pomocná akce, Praha v Národním archivu Čr se dokumenty Josefa Skalického nepodařilo najít.
