Ve vyšetřovacím spisu NKVD se píše: “V soudním řízení obžaloba zjistila, že výše uvedení občané, nepřátelsky naladění vůči sovětským orgánům, opakovaně prováděli propagandu mezi občany Frunze. Jejich konkrétní trestné činy byly následující: Štefan v roce 1940 v bytě Lukomského v přítomnosti dalších občanů diskreditoval jednoho z vůdců sovětského státu a v roce 1941 před vydáním půjčky v přítomnosti občanů pomlouvačným způsobem agitoval proti těmto sovětským půjčkám. Vše, co bylo uvedeno u soudu, bylo potvrzeno výpověďmi svědků a částečným přiznáním samotných obviněných. Proto soud považuje jejich vinu při spáchání trestných činů za plně prokázanou podle článku 58-10 části 1 trestního zákoníku RSFSR.”
Dne 7. října roku 1941 byl František Štefan odsouzen k šesti letům odnětí svobody. O jeho dalším osudu nic nevíme. Dne 20. listopadu roku 1958 mělo být trestní stíhání zrušeno a ukončeno. V archivu Ministerstva zahraničních věcí České republiky se výjezdní dokumenty Františka Štefana nepodařilo najít.
