Dne 28. července roku 1941 byl zatčen, obviněn z antisovětské agitace a propagandy a odsouzen k deseti letům vězení a ztrátě občanských práv na tři roky. Začátek výkonu trestu byl stanoven na 28. června 1941. Dne 21. října téhož roku přezkoumal rozsudek Vrchní soud Kyrgyzské SSR a ponechal trest v nezměněné podobě. Od té doby je Viktor Doležal nezvěstný. V archivním spisu se objevuje poznámka, že jeho případ měl být 20. listopadu roku 1958 přerušen a zrušen.
Jeho jméno figuruje jak na seznamu obětí, které “padli na frontě výstavby socialismu”, jak ve své knize Internacionálna pomoc československého proletariátu národům SSSR vydané v roce 1961 uvádí Pavel Pollák, tak na seznamu obětí, který sestavilo Sdružení Čechů v Kyrgyzstánu Nazdar. V archivních složkách se žádostmi o výjezdní doklady, které se nachází ve fondu Ministerstva zahraničních věcí - Ruská pomocná akce, Praha v Národním archivu Čr se dokumenty Viktora Doležala nepodařilo najít.
